一群由于基因突变而与生俱来神奇能力的人，在本身也具超人能力的“X教授”领军下，成立了一支共同维护地球和平的X战警，他们时刻准备着要为这个惧怕和排斥他们的世界而战。由于X战警表现突出，每每赢得人类的喝采。X战警新加入的成员金钢狼，两腕上有无坚不摧的超合金钢爪，是个脾气暴躁，几乎不受控制的变种人，他的到来使得X战警内部危机四伏……
一度曾经是“X教授”的同事和朋友的“万磁王”是世界上最强大的变异人种之一。在被人类的不公正对待伤害后，他逐渐背离了社会。他认为人类不可能与基因变异人和平共处，而后者才应是世界真正的主宰者。他与邪恶的手下联合起来，决定将不惜一切手段达到他们统治世界的目的，而X战警面对强大的对手要为对他们又怕又恨的人类而战。
一位反X战警的美国参议员，极力要促成政府将这些所谓超人控管，并煽动人类与战警之间的冲突。拥有举世最强心电感应能力的X教授不愿见到冲突扩大，所以集合充满正义感的X战警，希望能藉由X战警保护人类免受邪恶战警的威胁，进而创造一个人类和变异人种友好相处的环境。X战警发现他们在尽力保卫人类之时，人类也对他们也产生了极大的恐惧，双方关系渐渐紧绷。再加上X战警得面对金钢狼一触即发的脾气，与万磁王的到处杀戮，X战警陷入了进退两难的重重危机中……